Pimpinan Institusi adalah Rektor dan para Wakil Rektor yang bertugas menjalankan fungsi pengelolaan institusi secara keseluruhan, menyelenggarakan pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat, membina dosen, karyawan, mahasiswa serta membina hubungan dengan alumni, baik di lingkungan kampus maupun masyarakat.

Rektor diangkat atau diberhentikan untuk masa jabatan 4 tahun, setelah melalui proses pemilihan yang diadakan khusus dalam suatu rapat terbuka Senat Institusi. Inilah susunan Pimpinan IAI Sunan Giri Bojonegoro periode 2019-2023.